Русская православная церковь опровергла появившуюся в СМИ информацию о пропаже останков царской и заявила, что сведения о месте их хранения не разглашаются.
31 мая агентство URA.Ru со ссылкой на екатеринбургских историков сообщило о том, что останки Алексея и Марии Романовых, которые с декабря 2015 года хранились в Новоспасском монастыре в Москве, "уничтожены в ходе неудачных опытов". 2 июня пресс-секретарь предстоятеля РПЦ Александр Волков заверил, что эти сведения недостоверны. Зампред Синодального отдела по взаимоотношениям церкви с обществом и СМИ Московского патриархата Вахтанг Кипшидзе в свою очередь назвал информацию о пропаже выдумкой, которую используют "для генерирования скандальных слухов и сплетен".
"Останки, которые, предположительно, принадлежат царевичу Алексию и княжне Марии, хранятся в запечатанном виде в одном из московских монастырей... Мы не называем тот монастырь, в котором хранятся эти останки, потому что их принадлежность не установлена, и поэтому они не открыты для посещения верующими людьми — они просто хранятся на время проведения соответствующих экспертиз", — приводит слова Кипшидзе ТАСС.
По его словам, от останков были взяты образцы для проведения комплексных исследований, и церковь на данный момент не располагает какими-либо новыми результатами этих экспертиз.
Как отметил главред "Эха Москвы" Алексей Венедиктов, о передаче останков царских детей на хранение церкви 23 декабря 2015 года сообщила пресс-служба правительства России. На следующий день член правительственной комиссии Сергей Мироненко заявил, что останки уже находятся в Новоспасском монастыре.
Однако 3 июня 2019 в приемной Новоспасского монастыря сообщили, что останки в обители никогда не хранились.